Problema Indígena

Sin embargo los indígenas del territorio chileno contaban con una economía de subsistencia, no estaban acostumbrados a trabajar para generar tributo y además autoabastecerse a ellos mismos. Por lo que en el territorio chileno la encomienda fue más laxa, y fue donde más los conquistadores violaron derechos.
Desde la llegada de Pedro de Valdivia al territorio los españoles se dedicaron con mucho empeño al trabajo de los lavaderos de oro. Una forma de poder obtener el recurso oro, fue utilizar la mano de obra indígena. Pero debido a la pobreza del trabajo del indígena (no acostumbrado a un régimen sistemático de trabajo), los encomenderos presionaron a los indígenas para utilizar de forma compulsiva su trabajo. Esto junto con el agotamiento de los lavaderos de oro, resultaron en que la producción minera no fuera tan rica como en los primeros tiempos y en que se presionara aún más a la población indígena. Lo cual a su vez incidió en dos situaciones:
Junto con los indígenas encomendados los conquistadores se quedaban también con sus tierras, lo cual estaba prohibido. Si bien existían las mercedes de tierras, estas no se otorgaban sobre las tierras que pertenecían a los indígenas, aunque en la práctica no fue así.
Ahora bien, si los pueblos indígenas no contaban con una economía desarrollada, no hay como establecer la encomienda. Es así como la institución funcionó en lugares como Potosí o en zonas de México. Donde los indígenas estaban acostumbrados a un ritmo de trabajo sistemático, ya que tanto en el Imperio Inca como en el Azteca estaba establecido el cobro de tributo.
El trato que los conquistadores daban a los indígenas que estaban a su cargo, distaba mucho de ser bueno y esto, paulatinamente, empezó a generar un problema ético en el que Carlos V se vio involucrado. Uno de los grandes defensores de los indígenas fue Fray Bartolomé de Las Casas, de la orden dominica, quien incluso viajó a España y expuso ante el Emperador las situaciones que se presentaban en América, haciendo presente las implicancias morales e incluso religiosas que ello tenía.
Como Emperador, Carlos V debía procurar el bienestar de sus súbditos, calidad que los indígenas americanos también tenían y, por otro lado, debía velar por la evangelización de los naturales para la salvación de sus almas. Pero los constantes malos tratos a los naturales, dificultaban el cumplimiento de aquellas misiones. Presionado por Las Casas, el Rey incluso llegó a pensar en la posibilidad de ordenar la salida de los españoles de América, idea de la que pronto desistió, autorizando al fraile dominico para experimentar un nuevo método de conquista pacífica
Entre los distintos intentos por regular la situación y evitar el mal trato a los indígenas, el Rey dio pie a distintas leyes y ordenanzas:
Tasa de Santillán
Tasa de Gamboa
Leyes Nuevas

La encomienda no era el único trabajo indígena existente, además de aquel existía
Yanaconaje
Traslado de Indios
Esclavitud Indígena